La coordinación de la RedPOP está a cargo de una Dirección Ejecutiva, integrada por un Director(a) y un Consejo Asesor constituido por tres coordinadores de nodos:

• Nodo Sur (Argentina, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay).
• Nodo Andes (Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela)
• Nodo Norte y Caribe (Belice, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua, México, Panamá, Cuba, Jamaica, Puerto Rico, República Dominicana, Trinidad y Tobago, y demás países del área).

Los integrantes de la Dirección Ejecutiva se eligen entre los representantes de los grupos, programas y centros por votación en la Asamblea General de la RedPOP. La duración del cargo es de dos años (prorrogable).

Un representante de la oficina regional de UNESCO para América Latina y el Caribe colabora con la Dirección Ejecutiva. Además, el(la) Director(a) Ejecutivo(a) nombra al Tesorero(a) de la Red.