La coordinación de la RedPOP está a cargo de una Dirección Ejecutiva, integrada por un Director(a) y un Consejo Asesor constituido por tres coordinadores de nodos:

• Nodo Sur (Argentina, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay).
• Nodo Andes (Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela)
• Nodo Norte y Caribe (Belice, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua, México, Panamá, Cuba, Jamaica, Puerto Rico, República Dominicana, Trinidad y Tobago, y demás países del área).

Los integrantes de la Dirección Ejecutiva se eligen entre los representantes de los grupos, programas y centros por votación en la Asamblea General de la RedPOP. La duración del cargo es de dos años (prorrogable).

Un representante de la oficina regional de UNESCO para América Latina y el Caribe colabora con la Dirección Ejecutiva. Además, el(la) Director(a) Ejecutivo(a) nombra al Tesorero(a) de la Red.

En la Asamblea que se celebró en Buenos Aires durante el Congreso de RedPOP se eligió la Dirección Ejecutiva para el periodo 2018-2019.